عده‌ای از شاگردانی که درس امام رحمه الله علیه می آمدند، کسانی بودند که بعدا معلوم شد برای ابراز فضل و اشکال گیری ویژه می آمدند و با برخوردشان با نظریات امام وانمود می کردند که نظریات امام را قبول ندارند و از نظر علمی مثلا حرف دارند. امام تصادفا از وجود آنها بهترین استفاده را کردند و فرمودند که اتفاقا اینها کسانی هستند که جدی اشکال می گیرند و جدی بحث می کنند و با دقت کامل حضور دارند و بیان اشکال از سوی آنها باعث رونق و شکوفایی بیشتر بحث می شود که بعدا همانها به موقعیت علمی امام اذعان کردند. بعد از انقلاب همانها هم اتفاقا جزء کسانی شدند که نمایندگی امام را در بعضی از استانها کسب کردند و امام جمعه بعضی از استانها شدند. در آن حلقه سرآمد مستشکلین درس امام، حاج آقا سید مصطفی خمینی بود. کسی که اشکال می کند پیداست که اهل مطالعه و فهم مطلب است. والا اگر کسی چیزی نداند و اشکال کند، هو می شود و رسوایی بار می آورد. کسی می تواند بحثی را به طور جدی شروع کند و به عنوان اشکال مطرح کند که دارای مطالعه و درک عمیق بوده و مطلب را فهمیده باشد. به همین دلیل وقتی که مرحوم حاج آقا مصطفی بحثی را شروع می کرد همه استفاده می کردند و گاهی امام در برخورد با آقا مصطفى تعابیری داشتند که نشان میداد به علمیت ایشان اذعان دارند. مثلا می فرمود که: «مصطفی از تو بعید است». یعنی تو که می فهمی چرا این حرف را میزنی؟ این نشان دهنده این است که امام اعتقاد به علمیت فرزندشان داشتند.
 
یکی از بهره‌ها و اثرات وجودی مرحوم آقا مصطفی در کنار پدر حادثه ای بود که اتفاق افتاد و مقرر بود که خداوند ایشان را از امام بگیرد. به دنبال این اتفاق بسیار ناگوار و تلخ (و بعدا معلوم شد تعیین کننده) یک بعد از ابعاد شخصیتی و معنوی و عرفانی حضرت امام بروز کرد. و آن مسئله نحوه برخورد با یک مصیبت بزرگ بود، تسلیم شدن در برابر یک امر دردناک. به اعتقاد من اگر این حادثه اتفاق نمی افتاد ما پی به عظمت روحی و عظمت مقام رضا و تسلیم امام در برابر مشیت الهی نمی بردیم. سنگینی غم این درد و حادثه به عظمت نقش تعیین کننده حاج آقا مصطفی در کنار حضرت امام بر می گردد. حضرت امام در دوران تبعید یک مونس را درک کرد. استعداد فوق العاده درخشانی را در کنارش درک کرد. برای تعالی و رشد او همت کرد. در جریان مبارزه ایشان را به عنوان یک بازوی توانا و سپر نیرومند در کنار خودش مشاهده کرد و بعد از شهادت آن نازنین عبارتی که بکار برده بود این بود که: «مصطفی امید آینده اسلام بود.» امام به گزافه چیزی نمی گفت. امام سرشار از راستی و صداقت و پاکی بود. انسان این چنین وقتی اذعان کند که مصطفی امید آینده اسلام است کسی که خودش ذوب در اسلام شده و در تعالی اسلام تمام وجودش را هدف قرار داده و به امید اسلام این چنین دل می بندد و ارج می گذارد وقتی که یک نازنینی این چنینی از کنارش گرفته می شود، پیداست که چه غم بزرگی را باید احساس کند. علی رغم همه سنگینی این غم و با همه دشواریها امام با آن صفا و رضای واقعی در برابر مشیت الهی تسلیم می شود و این فقدان عظیم را به عنوان یک لطف خفیه الهی تلقی می کند. این بیانگر یک عظمت درک و شکوهمندی یک اعتقاد و ایمان است که اگر این حادثه اتفاق نمی افتاد، این وجهه از شخصیت امام کشف نمی شد و شاید یکی از ارجمندترین نقش های حاج آقا مصطفی علاوه بر آن نقش های ارجمندی که در زندگی اش داشت، فقدان او شد که باعث گردید این پدیده از ویژگی های امام پیدا شود و این چیز کمی نیست.
 
بله ایشان به واقعا امید آینده اسلام  بودند. در درس خیلی توجه داشتند. زیاد اشکال می کرد. خیلی مودبانه اشکال می کرد. حاج آقا مصطفی می گفت: التفات بفرمایید، امام هم توقف می کردند و ایشان اشکال می کردند. نبوغش معلوم بود. سن ایشان حدود ۵۰ سال بود، اما ۲۸ جلد کتاب علمی تألیف کرد. مجموعه آثار سنگینی در فقه، در اصول، در فلسفه و در تفسیر دارند. مجموعه ای از فضل و ادب و شعر و هنر و فقه و عرفان و ذوق دارند. برحسب سن شان از نظر نبوغ فکری بسیار بسیار ورزیده بودند.
 
ایشان خیلی با دوستان مهربان بود. یک بار زمستان بود با عبای تابستانی به مدرسه بروجردی آمدم. ایشان نشسته بود و اشاره کرد رفتم جلو ایشان فرمودند که هوا سرد است گفتم آره. گفت خب این عبا نازکه. گفتم چکار کنم (خنده مصاحبه شونده) عبا فروشی در آن محدود بود به نام آقای کرباسچی. گفت برو پیش آن آقا و یک عبا بگیر گفتم باشه. یعنی اینقدر حال و هوای ما را داشت. از نظر اخلاقی، برخورد اجتماعی و حسن خلق زبانزد طلاب بود و دوست و دشمن او را می ستودند بطوری که مرجع طلاب بوده و در مسائل مختلف به ایشان مراجعه می کردند. ایشان بسیار متواضع، زاهد، دائم الذکر و مقید به نماز جماعت و نوافل بودند. با طلبه ها مزاح می کردند؛ اما نمی گذاشتند خلاف شرعی انجام بگیرد.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390